Au XVIe siècle la cathédrale possédait déjà un orgue, installé sur la tribune qui domine la sacristie. Il s’agissait d’un petit orgue de quatre pieds, de facture médiocre à en juger par la montre, restée sur place jusqu’en 1923. Merklin reprit le clavier , le sommier et les tuyaux pour établir un nouvel orgue.
Celui-ci fut descendu en 1861 dans le chœur puis remonté en tribune en 1887. En 1888 l’orgue fut reconnu inutilisable et remplacé par un orgue fourni par Merklin, provenant de la paroisse Saint Vincent de Paul de Marsellle – orgue construit par la maison Daublaine-Callinet en 1845. Inauguration en mai 1888.
Lors de son installation à Die, Merklin apporte quelques modifications de jeux au récit, refait l’harmonisation et accorde l’orgue 1/2 ton plus haut. De ce fait les sonorités ne sont plus celles de l’orgue de Daublaine Calinet. Les tuyaux ont été décalés et pavillonnés, voire recoupés pour certains;
Composition de l’orgue
Grand orgue (54 notes) Récit 37 notes Pédale
Montre 8‘ Gambe 8’
Flûte-Harmo 8‘ Voix céleste8’
Bourdon 8‘ Bourdon 8’
Prestant 4‘ Hautbois8‘ Tirasse GO
Trompette 8’
Clairon 4’